Merinisäkkäiden tilaan ovat vaikuttaneet eritoten metsästys ja ympäristömyrkyt. Metsästys romahdutti hyljekannat 1900-luvun alkupuolella. Sen jälkeen hylkeitä alkoivat vaivata erityisesti metsäteollisuudesta peräisin olevat kemikaalit. Ne heikensivät hylkeiden lisääntymistä niin, että kannat jatkoivat pienenemistään.
Vasta 1990-luvulla hyljekannat alkoivat toipua, kun haitallisten aineiden pitoisuudet vähenivät. Silti sekä halli että norppa olivat hyvin vähälukuisia 2000-luvun alkuun asti. Ympäristömyrkyt ovat saattaneet vaikuttaa myös pyöriäiskantoihin, joskin merkittävämpi uhka on ollut pyöriäisten hukkuminen kalaverkkoihin.
Merinisäkkäiden tilaa seurataan usealla mittarilla. Tilan ilmentäjinä käytetään eläinkantojen runsautta, lajien levinneisyyttä ja populaation kuntoa.
Hallin tila on vakaa, norppaa uhkaa erityisesti ilmastonmuutos
Koko Itämerellä elää nykyisin reilut 30 000 hallia. Suomen merialueilla halleja on noin 13 000 yksilöä, ja kanta kasvaa edelleen maltillisesti. Hallin tila arvioidaan Suomessa hyväksi kaikilla mittareilla.
Halli eli harmaahylje menestyy Itämeren merinisäkkäistä parhaiten. Hallit lasketaan kuvaamalla lentokoneesta ulkoluodoilla lekottelevia hylkeitä.
Itämeren norppakanta on keskittynyt etenkin Perämeren alueelle. Tämä johtuu siitä, että norppa on riippuvainen jäästä ja lumesta varsinkin lisääntymisaikaan. Perämeren tuorein laskenta antoi tulokseksi liki 13 000 norppaa. Laskentatulokset vaihtelevat vuodesta toiseen, mikä johtuu ennen muuta laskennan aikaisista jääoloista.
Saaristomerellä ja Suomenlahdella on erilliset norppapopulaatiot. Norppien määrä on niissä hyvin pieni, eivätkä nämä populaatiot ole osoittaneet merkkejä elpymisestä. Ilmastonmuutos vaarantaa norpan säilymisen erityisesti näillä eteläisemmillä alueilla.
Pyöriäinen on Suomen merialueella erittäin harvalukuinen
Pyöriäinen on Itämeren ainoa valaslaji. Vielä sata vuotta sitten pyöriäisiä tavattiin kaikkialla Suomen merialueella. Nykyisin niitä havaitaan vain muutamia vuodessa. Pyöriäinen esiintyy täällä levinneisyytensä äärirajoilla.
Pyöriäiskadon pääsyynä pidetään kalastuksen tehostumista; pyöriäisiä hukkuu erilaisiin verkkopyydyksiin, etenkin eteläisellä Itämerellä. Aiemmin – runsas sata vuotta sitten – pyöriäisiä myös metsästettiin, mikä saattoi kääntää kannan laskuun. Pyöriäisten arvellaan nykyisin kärsivän muun muassa laivaliikenteestä ja vedenalaisesta melusta.